De nouvelles règles qui ne doivent pas fragiliser davantage les agents publics
Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie les règles applicables aux congés pour raisons de santé et au temps partiel thérapeutique dans les trois versants de la Fonction publique.
Derrière une présentation essentiellement technique, cette réforme renforce les pouvoirs de contrôle des employeurs publics et fait évoluer sensiblement les conditions dans lesquelles les agents pourront bénéficier d’un arrêt de travail ou reprendre progressivement leur activité.
Pour la CFTC Fonction Publique, la santé ne peut devenir une simple variable d’ajustement budgétaire ou organisationnel.
Temps partiel thérapeutique : ce qui change depuis le 1er août 2026
L’administration dispose désormais, dans la plupart des situations, d’un délai pouvant atteindre trente jours pour répondre à une demande de temps partiel thérapeutique. Lorsque la demande intervient après un congé de longue maladie, un congé de longue durée, un CITIS ou une disponibilité pour raison de santé, la décision doit toutefois intervenir au plus tard le jour de la reprise.
L’employeur pourra refuser ou interrompre un temps partiel thérapeutique pour des raisons médicales ou en invoquant les nécessités de continuité et de fonctionnement du service. Dans ce dernier cas, un entretien préalable devra obligatoirement être organisé. L’agent pourra s’y faire assister par la personne de son choix et toute décision défavorable devra être motivée.
L’administration pourra également demander un examen auprès d’un médecin agréé dès la première demande, lors d’un renouvellement ou à tout moment pendant le dispositif.
Quelques garanties sont néanmoins préservées : le temps partiel thérapeutique peut être accordé dans la limite globale d’une année, sans périodicité obligatoire, et les droits de l’agent sont maintenus lorsqu’il conteste l’avis du médecin agréé devant le conseil médical, jusqu’à ce que celui-ci se prononce. Le contrôle médical systématique après trois mois est par ailleurs supprimé.
Arrêts de travail : de nouvelles contraintes à compter du 1er septembre 2026
À partir du 1er septembre 2026, les agents devront notamment utiliser le nouveau formulaire sécurisé d’arrêt de travail établi par le prescripteur.
La durée d’un premier arrêt sera en principe limitée à un mois, puis à deux mois pour chaque prolongation, sauf dérogation médicalement justifiée. Le maintien de la rémunération pourra également être conditionné au fait que la prolongation soit prescrite par le médecin à l’origine de l’arrêt, sauf impossibilité ou indisponibilité de celui-ci.
Les employeurs pourront en outre procéder à des contrôles de présence au domicile ou sur le lieu de repos déclaré lorsque l’arrêt prévoit des horaires de présence obligatoires. En cas de refus du contrôle ou d’absence injustifiée, la rémunération pourra être suspendue.
La CFTC Fonction Publique restera particulièrement vigilante !
La CFTC Fonction Publique ne conteste ni la nécessité de procédures sécurisées ni la lutte contre les fraudes lorsqu’elles sont effectivement caractérisées.
Elle refuse en revanche qu’une suspicion généralisée pèse sur les agents malades et que les impératifs de fonctionnement du service prennent progressivement le pas sur les prescriptions médicales.
Un délai pouvant atteindre trente jours pour mettre en œuvre un temps partiel thérapeutique peut placer l’agent dans une situation difficile : reprendre prématurément à temps complet, prolonger son arrêt ou attendre une décision administrative alors même que son médecin recommande une reprise progressive.
La CFTC Fonction Publique rappelle que le temps partiel thérapeutique constitue avant tout un outil de prévention de la désinsertion professionnelle, de maintien dans l’emploi et de protection de la santé. Il ne doit pas devenir un dispositif soumis aux seules contraintes de gestion des effectifs.
Les critiques formulées par plusieurs organisations syndicales convergent sur ce point : le texte risque de déplacer l’équilibre entre la protection de l’agent et les pouvoirs de contrôle de l’administration. Certaines organisations ont également dénoncé une réforme inspirée davantage par la maîtrise des dépenses publiques que par une véritable politique de prévention et d’accompagnement.
La CFTC Fonction Publique demande que chaque administration garantisse :
- une information claire et immédiate de l’ensemble des agents ;
- des délais d’instruction réellement réduits, le délai de trente jours devant rester un maximum et non devenir la norme ;
- la prise en compte prioritaire des préconisations médicales ;
- la motivation précise de chaque refus ;
- la possibilité effective pour l’agent d’être accompagné lors de tout entretien ;
- l’absence de pression ou de stigmatisation à l’encontre des agents malades ;
- un suivi régulier des refus de temps partiel thérapeutique et de leurs motifs dans le cadre du dialogue social.
Être malade n’est pas une faute. Reprendre progressivement son activité n’est pas un privilège.
La CFTC Fonction Publique accompagnera les agents confrontés à un refus, à une interruption de leur temps partiel thérapeutique ou à une difficulté dans l’application de ces nouvelles règles.
